取卵是在注射了人绒毛促性腺激素的35～36小时内进行。过早或过迟取卵都会影响卵的取出率和取出卵的质量。过早可能会使卵子未能完全成熟，有较多的未成熟卵，而过迟有可能使一些大卵泡排卵，因而取不到卵。

取卵是一个小手术，可以是在全身麻醉下或是在局部麻巢下进行。经阴道超声仪引导，将取卵针穿过阴道，直达卵巢汲取卵子后，实验室人员立即在显微镜下将吸到的卵子移到含有胚胎培育液的培育皿中，置于37℃的培育箱中培育。因为阴道内超声波吸入术是一种小手术，有些医生为了让患者节约费用只使用止痛药而不使用全身麻醉。


一般取卵时刻在30分钟之内。患者取卵后只有细微的痛苦和极少量的出血，歇息1~2个小时就可以回家，不会影响日常工作和生活。